Статьи в журналах
Тезисы докладов
Доклады на научных конференциях
НИР и НИОКР
Участие в редколлегии журналов
Руководство диссертациями
Оппонирование диссертаций
Руководство дипломными работами
Авторство учебных курсов
–
Статьи в журналах
-
- 2023 Absence of enterotypes in the human gut microbiomes reanalyzed with non-linear dimensionality reduction methods
- Bulygin Ivan, Shatov Vladislav, Rykachevskiy Anton, Raiko Arsenii, Bernstein Alexander, Burnaev Evgeny, Gelfand Mikhail S.
- в журнале PeerJ, издательство PeerJ (San Francisco), том 11 DOI
-
- 2023 Sense and antisense RNA products of the uxuR gene can affect motility and chemotaxis acting independent of the UxuR protein
- Tutukina Maria N., Dakhnovets Artemiy I., Kaznadzey Anna D., Gelfand Mikhail S., Ozoline Olga N.
- в журнале Frontiers in Molecular Biosciences, издательство Frontiers Media S.A. (Lausanne, Switzerland), том 10 DOI
-
- 2023 HiConfidence: a novel approach uncovering the biological signal in Hi-C data affected by technical biases
- Kobets Victoria A., Ulianov Sergey V., Galitsyna Aleksandra A., Doronin Semen A., Mikhaleva Elena A., Gelfand Mikhail S., Shevelyov Yuri Y., Razin Sergey V., Khrameeva Ekaterina E.
- в журнале Briefings in Bioinformatics, издательство Oxford University Press (United Kingdom) DOI
-
- 2023 Phylogeny and cross-regulation of the YjjM and LeuO transcription factors translated as multiple protein forms from one gene in Escherichia coli
- Bessonova T.A., Rybina A.A., Marakulina D.A., Kaznadzey A.D., Gelfand M.S., Ozoline O.N., Tutukina M.N.
- в журнале Mathematical Biology and Bioinformatics, том 18, № 1, с. 1-14 DOI
-
- 2023 Data on the temporal changes in soil properties and microbiome composition after a jet-fuel contamination during the pot and field experiments
- Semenkov I.N., Shelyakin P.V., Nikolaeva D.D., Tutukina M.N., Sharapova A.V., Lednev S.A., Sarana Yu V., Gelfand M.S., Krechetov P.P., Koroleva T.V.
- в журнале Data in Brief, издательство Elsevier Inc. (США), том 46 DOI
-
- 2022 A hierarchy in clusters of cephalopod mRNA editing sites
- Moldovan M.A., Chervontseva Z.S., Nogina D.S., Mikhail S.Gelfand
- в журнале Scientific reports, издательство Nature Publishing Group (United Kingdom), том 12, № 3447, с. 3447-10 DOI
-
- 2022 Differential Impact of Hexuronate Regulators ExuR and UxuR on the Escherichia coli Proteome
- Bessonova Tatiana A., Fando Maria S., Kostareva Olga S., Tutukina Maria N., Ozoline Olga N., Gelfand Mikhail S., Nikulin Alexey D., Tishchenko Svetlana V.
- в журнале International Journal of Molecular Sciences, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 23, № 15, с. 8379 DOI
-
- 2022 APOBEC mutagenesis is low in most types of non-B DNA structures
- Ponomarev Gennady V., Fatykhov Bulat, Nazarov Vladimir A., Abasov Ruslan, Shvarov Evgeny, Landik Nina-Vicky, Denisova Alexandra A., Chervova Almira A., Gelfand Mikhail S., Kazanov Marat D.
- в журнале iScience, издательство Cell Press (United States), том 25, № 7, с. 104535 DOI
-
- 2022 Dosage Compensation in Drosophila: Its Canonical and Non-Canonical Mechanisms
- Shevelyov Yuri Y., Ulianov Sergey V., Gelfand Mikhail S., Belyakin Stepan N., Razin Sergey V.
- в журнале International Journal of Molecular Sciences, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 23, № 18, с. 10976 DOI
-
- 2022 Evolution of transcriptional regulation of histidine metabolism in Gram-positive bacteria
- Ashniev German A., Sernova Natalia V., Shevkoplias Aleksei E., Rodionov Ivan D., Rodionova Irina A., Vitreschak Alexey G., Gelfand Mikhail S., Rodionov Dmitry A.
- в журнале BMC Genomics, издательство BioMed Central (London), том 23, № S6 DOI
-
- 2022 Comparison of genome architecture at two stages of male germline cell differentiation in Drosophila
- Ilyin Artem A., Kononkova Anna D., Golova Anastasia V., Shloma Viktor V., Olenkina Oxana M., Nenasheva Valentina V., Abramov Yuri A., Kotov Alexei A., Maksimov Daniil A., Laktionov Petr P., Pindyurin Alexey V., Galitsyna Aleksandra A., Ulianov Sergey V., Khrameeva Ekaterina E., Gelfand Mikhail S., Belyakin Stepan N., Razin Sergey V., Shevelyov Yuri Y.
- в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 50, № 6, с. 3203-3225 DOI
-
- 2022 The Influence of Kerosene on Microbiomes of Diverse Soils
- Shelyakin P.V., Semenkov I.N., Tutukina M.V., Nikolaeva D.D., Sharapova A.V., Sarana Yu V., Lednev S.A., Smolenkov A.D., Gelfand M.S., Krechetov P.P., Koroleva T.V.
- в журнале Life, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 12 DOI
-
- 2021 Perspectives for the reconstruction of 3D chromatin conformation using single cell Hi-C data
- Kos PI, Galitsyna AA, Ulianov SV, Gelfand MS, Razin SV, Chertovich AV
- в журнале PLoS Computational Biology, издательство Public Library of Science (United States), том 17, № 11, с. e1009546 DOI
-
- 2021 APOBEC mutagenesis is low in most types of non-B DNA structures, unlike other types of cancer mutagenesis
- Ponomarev Gennady V., Fatykhov Bulat, Nazarov Vladimir A., Abasov Ruslan, Shvarov Evgeny, Landik Nina-Vicky, Denisova Alexandra A., Chervova Almira A., Gelfand Mikhail S., Kazanov Marat D.
- в журнале bioRxiv (The preprint server for biology) DOI
-
- 2021 Order and stochasticity in the folding of individual Drosophila genomes
- Ulianov Sergey V., Zakharova Vlada V., Galitsyna Aleksandra A., Kos Pavel I., Polovnikov Kirill E., Flyamer Ilya M., Mikhaleva Elena A., Khrameeva Ekaterina E., Germini Diego, Logacheva Mariya D., Gavrilov Alexey A., Gorsky Alexander S., Nechaev Sergey K., Gelfand Mikhail S., Vassetzky Yegor S., Chertovich Alexander V., Shevelyov Yuri Y., Razin Sergey V.
- в журнале Nature communications, издательство Nature Pub. Group (United Kingdom), том 12, № 1 DOI
-
- 2020 Cumulative contact frequency of a chromatin region is an intrinsic property linked to its function
- Samborskaia Margarita D., Galitsyna Aleksandra, Pletenev Ilya, Trofimova Anna, Mironov Andrey A., Gelfand Mikhail S., Khrameeva Ekaterina E.
- в журнале PeerJ, издательство PeerJ (San Francisco), том 8 DOI
-
- 2020 Translation at first sight: the influence of leading codons
- Osterman Ilya A., Chervontseva Zoe S., Evfratov Sergey A., Sorokina Alena V., Rodin Vladimir A., Rubtsova Maria P., Komarova Ekaterina S., Zatsepin Timofei S., Kabilov Marsel R., Bogdanov Alexey A., Gelfand Mikhail S., Dontsova Olga A., Sergiev Petr V.
- в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom) DOI
-
- 2020 Influence of the spacer region between the Shine-Dalgarno box and the start codon for fine-tuning of the translation efficiency in Escherichia coli
- Komarova Ekaterina S., Chervontseva Zoya S., Osterman Ilya A., Evfratov Sergey A., Rubtsova Maria P., Zatsepin Timofei S., Semashko Tatiana A., Kostryukova Elena S., Bogdanov Alexey A., Gelfand Mikhail S., Dontsova Olga A., Sergiev Petr V.
- в журнале Microbial Biotechnology, издательство Blackwell Publishing Inc. (United Kingdom) DOI
-
- 2019 Micro-evolution of three Streptococcus species: selection, antigenic variation, and horizontal gene inflow
- Shelyakin Pavel V., Bochkareva Olga O., Karan Anna A., Gelfand Mikhail S.
- в журнале BMC Evolutionary Biology, издательство BioMed Central (London), том 19, № 1 DOI
-
- 2019 Nuclear lamina integrity is required for proper spatial organization of chromatin in Drosophila
- Ulianov Sergey V., Doronin Semen A., Khrameeva Ekaterina E., Kos Pavel I., Luzhin Artem V., Starikov Sergei S., Galitsyna Aleksandra A., Nenasheva Valentina V., Ilyin Artem A., Flyamer Ilya M., Mikhaleva Elena A., Logacheva Mariya D., Gelfand Mikhail S., Chertovich Alexander V., Gavrilov Alexey A., Razin Sergey V., Shevelyov Yuri Y.
- в журнале Nature communications, издательство Nature Pub. Group (United Kingdom), № 1176, с. 1-11 DOI
-
- 2018 Pangenomic Definition of Prokaryotic Species and the Phylogenetic Structure of Prochlorococcus spp
- Moldovan Mikhail A., Gelfand Mikhail S.
- в журнале Frontiers in microbiology, издательство Frontiers Research Foundation (Switzerland), том 9 DOI
-
- 2018 Conservation, evolution, and regulation of splicing during prefrontal cortex development in humans, chimpanzees, and macaques
- Mazin Pavel V., Jiang Xi, Ning Fu, Han Dingding, Guo Meng, Gelfand Mikhail S., Khaitovich Philipp
- в журнале RNA, том 24, № 4, с. 585-596 DOI
-
- 2018 Genome rearrangements and phylogeny reconstruction in Yersinia pestis
- Bochkareva Olga O., Dranenko Natalia O., Ocheredko Elena S., Kanevsky German M., Lozinsky Yaroslav N., Khalaycheva Vera A., Artamonova Irena I., Gelfand Mikhail S.
- в журнале PeerJ, издательство PeerJ (San Francisco), том 6, с. e4545 DOI
-
- 2018 Neanderthal and Denisovan ancestry in Papuans: A functional study
- Akkuratov Evgeny E., Gelfand Mikhail S., Khrameeva Ekaterina E.
- в журнале Journal of Bioinformatics and Computational Biology, издательство Imperial College Press (United Kingdom), том 16, № 02, с. 1840011
-
- 2018 Comparative Genomic Analysis of Holospora spp., Intranuclear Symbionts of Paramecia
- Garushyants Sofya K., Beliavskaia Alexandra Y., Malko Dmitry B., Logacheva Maria D., Rautian Maria S., Gelfand Mikhail S.
- в журнале Frontiers in microbiology, издательство Frontiers Research Foundation (Switzerland), том 9
-
- 2018 Comparative genomic analysis of fungal TPP-riboswitches
- Moldovan Mikhail A., Petrova Svetlana A., Gelfand Mikhail S.
- в журнале Fungal Genetics and Biology, издательство Academic Press (United States), том 114, с. 34-41
-
- 2018 The genes of the sulphoquinovose catabolism in Escherichia coli are also associated with a previously unknown pathway of lactose degradation
- Kaznadzey Anna, Shelyakin Pavel, Belousova Evgeniya, Eremina Aleksandra, Shvyreva Uliana, Bykova Darya, Emelianenko Vera, Korosteleva Anastasiya, Tutukina Maria, Gelfand Mikhail S.
- в журнале Scientific reports, издательство Nature Publishing Group (United Kingdom), том 8, № 1 DOI
-
- 2018 Cooption of heat shock regulatory system for anhydrobiosis in the sleeping chironomid Polypedilum vanderplanki
- Mazin PV, Shagimardanova E., Kozlova O., Cherkasov A., Sutormin R., Stepanova VV, Stupnikov A., Logacheva M., Penin A., Sogame Y., Cornette R., Tokumoto S., Miyata Y., Kikawada T., Gelfand MS, Gusev O.
- в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, издательство National Academy of Sciences (United States), том 115, № 10, с. E2477-E2486 DOI
-
- 2017 Genome analysis of E. coli isolated from Crohn’s disease patients
- Rakitina D.V., Manolov A.I., Kanygina A.V., Garushyants S.K., Baikova J.P., Alexeev D.G., Ladygina V.G., Kostryukova E.S., Larin A.K., Semashko T.A., Karpova I.Y., Babenko V.V., Ismagilova R.K., Malanin S.Y., Gelfand M.S., Ilina E.N., Gorodnichev R.B., Lisitsyna E.S., Aleshkin G.I., Scherbakov P.L., Khalif I.L., Shapina M.V., Maev I.V., Andreev D.N., Govorun V.M.
- в журнале BMC Genomics, издательство BioMed Central (London), том 18, № 1, с. 544 DOI
-
- 2017 Sugar Lego: gene composition of bacterial carbohydrate metabolism genomic loci
- Kaznadzey A., Shelyakin P., Gelfand M.S.
- в журнале Biology Direct, издательство BioMed Central (London), том 12, № 1, с. 28 DOI
-
- 2017 Activation of the alpha-globin gene expression correlates with dramatic upregulation of nearby non-globin genes and changes in local and large-scale chromatin spatial structure
- Ulianov Sergey V., Galitsyna Aleksandra A., Flyamer Ilya M., Golov Arkadiy K., Khrameeva Ekaterina E., Imakaev Maxim V., Abdennur Nezar A., Gelfand Mikhail S., Gavrilov Alexey A., Razin Sergey V.
- в журнале Epigenetics and Chromatin, издательство BioMed Central (London), том 10, № 1, с. 35 DOI
-
- 2017 Genomic Analysis of Caldithrix abyssi, the Thermophilic Anaerobic Bacterium of the Novel Bacterial Phylum Calditrichaeota
- Kublanov I.V., Sigalova O.M., Gavrilov S.N., Lebedinsky A.V., Rinke C., Kovaleva O., Chernyh N.A., Ivanova N., Daum C., Reddy T.B., Klenk H.P., Spring S., Goker M., Reva O.N., Miroshnichenko M.L., Kyrpides N.C., Woyke T., Gelfand M.S., Bonch-Osmolovskaya E.A.
- в журнале Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, издательство Frontiers Media S.A. (Lausanne, Switzerland), том 8, с. 195 DOI
-
- 2017 Application of sorting and next generation sequencing to study 5'-UTR influence on translation efficiency in Escherichia coli
- Evfratov SA, Osterman IA, Komarova ES, Pogorelskaya AM, Rubtsova MP, Zatsepin TS, Semashko TA, Kostryukova ES, Mironov AA, Burnaev E., Krymova E., Gelfand MS, Govorun VM, Bogdanov AA, Sergiev PV, Dontsova OA
- в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 45, № 6, с. 3487-3502 DOI
-
- 2016 Evolution of the Exon-Intron Structure in Ciliate Genomes
- Bondarenko V.S., Gelfand M.S.
- в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 11, № 9, с. e0161476 DOI
-
- 2016 Nitrogen Fixation and Molecular Oxygen: Comparative Genomic Reconstruction of Transcription Regulation in Alphaproteobacteria
- Tsoy O.V., Ravcheev D.A., ?uklina J., Gelfand M.S.
- в журнале Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, издательство Frontiers Media S.A. (Lausanne, Switzerland), том 7, с. 1343 DOI
-
- 2016 Identification of Position-Specific Correlations between DNA-Binding Domains and Their Binding Sites. Application to the MerR Family of Transcription Factors
- Korostelev Y.D., Zharov I.A., Mironov A.A., Rakhmaininova A.B., Gelfand M.S.
- в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 11, № 9, с. e0162681 DOI
-
- 2016 Small Open Reading Frames, Non-Coding RNAs and Repetitive Elements in Bradyrhizobium japonicum USDA 110
- Hahn J., Tsoy O.V., Thalmann S., ?uklina J., Gelfand M.S., Evguenieva-Hackenberg E.
- в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 11, № 10, с. e0165429 DOI
-
- 2016 Механизмы укладки хроматиновой фибриллы в топологически-ассоциированные домены
- Ульянов С.В., Храмеева Е.К., Гаврилов А.А., Флямер И.М., Кос П., Михалева Е.А., Пенин А.А., Логачёва М.Д., Имакаев М.В., Чертович А., Гельфанд М.С., Шевелёв Ю.Я., Разин С.В.
- в журнале Acta Naturae (русскоязычная версия), издательство Парк-медиа (М.), том 2, с. 3-3
-
- 2016 Recombination Processes and Nonlinear Markov Chains
- Pirogov S., Rybko A., Kalinina A., Gelfand M.
- в журнале Journal of Computational Biology, издательство Mary Ann Liebert Inc. (United States), том 23, № 9, с. 711-717 DOI
-
- 2016 Changes in segmentation and setation along the anterior/posterior axis of the homonomous trunk limbs of a remipede (Crustacea, Arthropoda)
- Ivanenko Viacheslav N., Antonenko Ekaterina A., Gelfand Mikhail S., Jill Yager, Ferrari Frank D.
- в журнале PeerJ, издательство PeerJ (San Francisco), том 4, № e2305, с. 1-20 DOI
-
- 2016 Changes in snoRNA and snRNA Abundance in the Human, Chimpanzee, Macaque, and Mouse Brain
- Zhang B., Han D., Korostelev Y., Yan Z., Shao N., Khrameeva E., Velichkovsky B.M., Chen Y.P., Gelfand M.S., Khaitovich P.
- в журнале Genome biology and evolution, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 8, № 3, с. 840-850 DOI
-
- 2016 Detection of homologous recombination in closely related strains
- Kalinina A.S., Suvorikova A.L., Spokoiny V.G., Gelfand M.S.
- в журнале Journal of Bioinformatics and Computational Biology, издательство Imperial College Press (United Kingdom), том 14, № 2, с. 1641001 DOI
-
- 2016 History of chromosome rearrangements reflects the spatial organization of yeast chromosomes
- Khrameeva E.E., Fudenberg G., Gelfand M.S., Mirny L.A.
- в журнале Journal of Bioinformatics and Computational Biology, издательство Imperial College Press (United Kingdom), том 14, № 2, с. 1641002 DOI
-
- 2016 Genome-wide transcription start site mapping of Bradyrhizobium japonicum grown free-living or in symbiosis - a rich resource to identify new transcripts, proteins and to study gene regulation
- Čuklina J., Hahn J., Imakaev M., Omasits U., Forstner K.U., Ljubimov N., Goebel M., Pessi G., Fischer H.M., Ahrens C.H., Gelfand M.S., Evguenieva-Hackenberg E.
- в журнале BMC Genomics, издательство BioMed Central (London), том 17, № 1, с. 302 DOI
-
- 2016 Genomic study of the Ket: a Paleo-Eskimo-related ethnic group with significant ancient North Eurasian ancestry
- Flegontov Pavel, Changmai Piya, Zidkova Anastassiya, Logacheva Maria D., Ezgi Altınışık N., Flegontova Olga, Gelfand Mikhail S., Gerasimov Evgeny S., Khrameeva Ekaterina E., Konovalova Olga P., Tatiana Neretina, Nikolsky Yuri V., George Starostin, Stepanova Vita V., Travinsky Igor V., Martin Tříska, Petr Tříska, Tatarinova Tatiana V.
- в журнале Scientific reports, издательство Nature Publishing Group (United Kingdom), том 6, с. 20768 DOI
-
- 2016 Active chromatin and transcription play a key role in chromosome partitioning into topologically associating domains
- Ulianov SV, Khrameeva EE, Gavrilov AA, Flyamer IM, Kos P., Mikhaleva EA, Penin AA, Logacheva MD, Imakaev MV, Chertovich A., Gelfand MS, Shevelyov YY, Razin SV
- в журнале Genome Research, издательство Cold Spring Harbor Laboratory Press (United States), том 26, с. 70-84 DOI
-
- 2015 Correlated Evolution of Nucleotide Positions within Splice Sites in Mammals
- Denisov S., Bazykin G., Favorov A., Mironov A., Gelfand M.
- в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 10, № 12, с. e0144388 DOI
-
- 2015 Natural variation of gene models in Drosophila melanogaster
- Kurmangaliyev Y.Z., Favorov A.V., Osman N.M., Lehmann K.V., Campo D., Salomon M.P., Tower J., Gelfand M.S., Nuzhdin S.V.
- в журнале BMC Genomics, издательство BioMed Central (London), том 16, с. 198 DOI
-
- 2015 Horizontal gene transfer and genome evolution in Methanosarcina
- Garushyants S.K., Kazanov M.D., Gelfand M.S.
- в журнале BMC Evolutionary Biology, издательство BioMed Central (London), том 15, с. 102 DOI
-
- 2015 20 Active chromatin regions are sufficient to define borders of topologically associated domains in D. melanogaster interphase chromosomes
- Khrameeva E.E., Ulyanov S.V., Gavrilov A.A., Shevelyov Y.Y., Gelfand M.S., Razin S.V.
- в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), том 33, с. 11-12 DOI
-
- 2015 Dynasty Foundation: Russian science loses to politics
- Kondrashov F.A., Kondrashov A.S., Gelfand M.S.
- в журнале Nature, издательство Nature Publishing Group (United Kingdom), том 522, № 7557, с. 419-419 DOI
-
- 2015 GntR Family of Bacterial Transcription Factors and Their DNA Binding Motifs: Structure, Positioning and Co-Evolution
- Suvorova I.A., Korostelev Y.D., Gelfand M.S.
- в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 10, № 7, с. e0132618 DOI
-
- 2014 Sequence-derived structural features driving proteolytic processing
- Belushkin Alexander A., Vinogradov Dmitry V., Gelfand Mikhail S., Osterman Andrei L., Cieplak Piotr, Kazanov Marat D.
- в журнале Proteomics, издательство John Wiley & Sons Ltd. (United Kingdom), том 14, № 1, с. 42-50 DOI
-
- 2014 Crosslinking-immunoprecipitation (iCLIP) analysis reveals global regulatory roles of hnRNP L
- Rossbach Oliver, Hung Lee-Hsueh, Khrameeva Ekaterina, Schreiner Silke, König Julian, Curk Tomaž, Zupan Blaž, Ule Jernej, Gelfand Mikhail S., Bindereif Albrecht
- в журнале RNA Biology, издательство Landes Bioscience (United States), том 11, № 2, с. 146-155 DOI
-
- 2014 Genomics of sponge-associated Streptomyces spp. closely related to Streptomyces albus J1074: insights into marine adaptation and secondary metabolite biosynthesis potential
- Ian Elena, Malko Dmitry B., Sekurova Olga N., Bredholt Harald, Rückert Christian, Borisova Marina E., Albersmeier Andreas, Kalinowski Jörn, Gelfand Mikhail S., Zotchev Sergey B.
- в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 9, № 5, с. e96719 DOI
-
- 2014 Comparative analysis of CRISPR cassettes from the human gut metagenomic contigs
- Gogleva A.A., Gelfand M.S., Artamonova I.I.
- в журнале BMC Genomics, издательство BioMed Central (London), том 15, с. 202-202 DOI
-
- 2014 Weak negative and positive selection and the drift load at splice sites
- Denisov Stepan V., Bazykin Georgii A., Sutormin Roman, Favorov Alexander V., Mironov Andrey A., Gelfand Mikhail S., Kondrashov Alexey S.
- в журнале Genome biology and evolution, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 6, № 6, с. 1437-1447 DOI
-
- 2013 Functional implications of splicing polymorphisms in the human genome
- Kurmangaliyev Yerbol Z., Sutormin Roman A., Naumenko Sergey A., Bazykin Georgii A., Gelfand Mikhail S.
- в журнале Human Molecular Genetics, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 22, № 17, с. 3449-3459 DOI
-
- 2012 Draft macronuclear genome of a ciliate Euplotes crassus
- Vinogradov D.V., Tsoĭ O.V., Zaika A.V., Lobanov A.V., Turanov A.A., Gladyshev V.N., Gel'fand M.S.
- в журнале Molekuliarnaia biologiia, издательство Russian Academy of Sciences (Russian Federation), том 46, № 2, с. 361-366
-
- 2012 Evidence for widespread association of mammalian splicing and conserved long-range RNA structures
- Pervouchine D.D., Khrameeva E.E., Pichugina M.Yu, Nikolaenko O.V., Gelfand M.S., Rubtsov P.M., Mironov A.A.
- в журнале RNA, том 18, № 1, с. 1-15
-
- 2012 Temporal Regulation of Gene Expression of the Escherichia coli Bacteriophage phiEco32
- Pavlova O., Lavysh D., Klimuk E., Djordjevic M., Ravcheev D.A., Gelfand M.S., Severinov K., Akulenko N.
- в журнале Journal of Molecular Biology, издательство Academic Press (United States), том 416, № 3, с. 389-399
-
- 2012 Biases in read coverage demonstrated by interlaboratory and interplatform comparison of 117 mRNA and genome sequencing experiments
- Khrameeva E.E., Gelfand M.S.
- в журнале BMC Bioinformatics, издательство BioMed Central (London), том 13, с. S4-S4
-
- 2012 Предварительная версия генома макронуклеуса инфузории Euplotes crassus
- Виноградов Д.В., Цой О.В., Заика А.В., Лобанов А.В., Туранов А.А., Гладышев В.Н., Гельфанд М.C.
- в журнале Молекулярная биология, том 46, № 2, с. 361-366
-
- 2012 Regulation and evolution of the malonate and propionate catabolism in the proteobacteria
- Suvorova I.A., Ravcheev D.A., Gelfand M.S.
- в журнале Journal of Bacteriology, издательство American Society for Microbiology (United States), том 194, № 12, с. 3234-3240
-
- 2012 Glutamine versus ammonia utilization in NAD synthetase family
- de Ingeniis J., Kazanov M.D., Shatalin K., Gelfand M.S., Osterman A.L., Sorci L.
- в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 7, № 6, с. E39115-E39115
-
- 2012 Evolution of transcriptional regulation in closely related bacteria
- Tsoy O.V., Pyatnitskiy M.A., Kazanov M.D., Gelfand M.S.
- в журнале BMC Evolutionary Biology, издательство BioMed Central (London), том 12, с. 200-200
-
- 2012 Comparative genomics of CytR, an unusual member of the LacI family of bacterial transcription factors
- Sernova N.V., Gelfand M.S.
- в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 7, № 9, с. e44194-e44194
-
- 2012 Regulation and Evolution of the Malonate and Propionate Catabolism in the Proteobacteria
- Suvorova I.A., Ravcheev D.A., Gelfand M.S.
- в журнале Journal of Bacteriology, издательство American Society for Microbiology (United States), том 194, с. 3224-3240
-
- 2012 Evidence for widespread association of mammalian splicing and conserved long-range RNA structures
- Pervouchine D.D., Khrameeva E.E., Pichugina M.Yu, Nikolaenko O.V., Gelfand M.S., Rubtsov P.M., Mironov A.A.
- в журнале RNA, том 18, с. 1-15
-
- 2012 Temporal Regulation of Gene Expression of the Escherichia coli Bacteriophage phiEco32
- Pavlova O., Lavysh D., Klimuk E., Djordjevic M., Ravcheev D.A., Gelfand M.S., Severinov K., Akulenko N.
- в журнале Journal of Molecular Biology, издательство Academic Press (United States), том 416, с. 389-399
-
- 2012 Biases in read coverage demonstrated by interlaboratory and interplatform comparison of 117 mRNA and genome sequencing experiments
- Khrameeva E.E., Gelfand M.S.
- в журнале BMC Bioinformatics, издательство BioMed Central (London), том 13, с. S3
-
- 2012 Spatial proximity and similarity of the epigenetic state of genome domains
- Khrameeva EE, Mironov AA, Fedonin GG, Khaitovich P., Gelfand MS
- в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 7, № 3, с. 33947 DOI
-
- 2012 Evidence for widespread association of mammalian splicing and conserved long-range RNA structures
- Pervouchine DD, Khrameeva EE, Pichugina MY, Nikolaienko OV, Gelfand MS, Rubtsov PM, Mironov AA
- в журнале RNA, том 18, № 1, с. 1-15 DOI
-
- 2011 Comparative genomic reconstruction of transcriptional networks controlling central metabolism in the Shewanella genus
- Rodionov D.A., Novichkov P.S., Stavrovskaya E.D., Rodionova I.A., Li X., Kazanov M.D., Ravcheev D.A., Gerasimova A.V., Kazakov A.E., Kovaleva G.Y., Permina E.A., Laikova O.N., Overbeek R., Romine M.F., Fredrickson J.K., Arkin A.P., Dubchak I., Osterman A.L., Gelfand M.S.
- в журнале BMC Genomics, издательство BioMed Central (London), том 12, с. 1:-S3
-
- 2011 Complete genome and proteome of Acholeplasma laidlawii
- Lazarev V.N., Levitskii S.A., Basovskii Y.I., Chukin M.M., Akopian T.A., Vereshchagin V.V., Kostrjukova E.S., Kovaleva G.Y., Kazanov M.D., Malko D.B., Vitreschak A.G., Sernova N.V., Gelfand M.S., Demina I.A., Serebryakova M.V., Galyamina M.A., Vtyurin N.N., Rogov S.I., Alexeev D.G., Ladygina V.G., Govorun V.M.
- в журнале Journal of Bacteriology, издательство American Society for Microbiology (United States), том 193, № 18, с. 4943-4953 DOI
-
- 2010 Evolution of regulatory motifs of bacterial transcription factors
- Gorbunov K.Yu, Laikova O.N., Rodionov D.A., Gelfand M.S., Lyubetsky V.A.
- в журнале In Silico Biology, издательство I O S press (Netherlands), том 10, № 3-4, с. 163-183 DOI
-
- 2010 RegPredict: an integrated system for regulon inference in prokaryotes by comparative genomics approach
- Novichkov P.S., Rodionov D.A., Stavrovskaya E.D., Novichkova E.S., Kazakov A.E., Gelfand M.S., Arkin A.P., Mironov A.A., Dubchak I.
- в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 38, с. 299-307
-
- 2010 Evolutionary Dynamics of Clustered Irregularly Interspaced Short Palindromic Repeat Systems in the Ocean Metagenome
- Sorokin Valery A., Gelfand Mikhail S., Artamonova Irena I.
- в журнале Applied and Environmental Microbiology, издательство American Society for Microbiology (United States), том 76, № 7, с. 2136-2144 DOI
-
- 2010 Asymmetric and non-uniform evolution of recently duplicated human genes
- Panchin Alexander Y., Gelfand Mikhail S., Ramensky Vasily E., Artamonova Irena I.
- в журнале Biology Direct, издательство BioMed Central (London), том 5 DOI
-
- 2010 RegPredict: an integrated system for regulon inference in prokaryotes by comparative genomics approach
- Novichkov Pavel S., Rodionov Dmitry A., Stavrovskaya Elena D., Novichkova Elena S., Kazakov Alexey E., Gelfand Mikhail S., Arkin Adam P., Mironov Andrey A., Dubchak Inna
- в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 38, с. 299
-
- 2009 Comparative genomic analyses of nickel, cobalt and vitamin B12 utilization
- Zhang Yan, Rodionov Dmitry A., Gelfand Mikhail S., Gladyshev Vadim N.
- в журнале BMC Genomics, издательство BioMed Central (London), том 10, № 1, с. 78-104 DOI
-
- 2009 Evolutionary Dynamics of CRISPR-Cassettes in the Metagenome Sorcerer II
- Artamonova Irena I., Sorokin Valery A., Gelfand Mikhail S.
- в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), том 26, № 6, с. 883
-
- 2009 Modulation of alternative splicing by long-range RNA structures in Drosophila
- Raker Veronica A., Mironov Andrei A., Gelfand Mikhail S., Pervouchine Dmitri D.
- в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 37, № 14, с. 4533-4544
-
- 2009 Rodent-specific alternative exons are more frequent in rapidly evolving genes and in paralogs
- Nurtdinov Ramil N., Mironov Andrey A., Gelfand Mikhail S.
- в журнале BMC Evolutionary Biology, издательство BioMed Central (London), том 9
-
- 2008 Benchmarking of programs that predict the position of transmembrane segments in beta-barrel proteins
- Sadovskaya N.S., Gelfand M.S.
- в журнале Biophysics, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 53, № 2, с. 134-139 DOI
-
- 2008 Comparative genomic analysis of T-box regulatory systems in bacteria
- Vitreschak Alexey G., Mironov Andrei A., Lyubetsky Vassily A., Gelfand Mikhail S.
- в журнале RNA, том 14, № 4, с. 717-735
-
- 2008 Positive selection in alternatively spliced exons of human genes
- Ramensky Vasily E., Nurtdinov Ramil N., Neverov Alexei D., Mironov Andrei A., Gelfand Mikhail S.
- в журнале American Journal of Human Genetics, издательство University of Chicago Press (United States), том 83, № 1, с. 94-98
-
- 2007 Comparative genomics and evolution of alternative splicing: The pessimists’ science
- Artamonova Irena I., Gelfand Mikhail S.
- в журнале Chemical Reviews, издательство American Chemical Society (United States), том 107, № 8, с. 3407-3430 DOI
-
- 2007 Comparative genomic analysis of regulation of anaerobic respiration in ten genomes from three families of gamma-proteobacteria (Enterobacteriaceae, Pasteurellaceae, Vibrionaceae)
- Ravcheev Dmitry A., Gerasimova Anna V., Mironov Andrey A., Gelfand Mikhail S.
- в журнале BMC Genomics, издательство BioMed Central (London), том 8
-
- 2007 Conserved and species-specific alternative splicing in mammalian genomes
- Nurtdinov Ramil N., Neverov Alexey D., Favorov Alexander V., Mironov Andrey A., Gelfand Mikhail S.
- в журнале BMC Evolutionary Biology, издательство BioMed Central (London), том 7
-
- 2007 RegTransBase - a database of regulatory sequences and interactions in a wide range of prokaryotic genomes
- Kazakov Alexei E., Cipriano Michael J., Novichkov Pavel S., Minovitsky Simon, Vinogradov Dmitry V., Arkin Adam, Mironov Andrey A., Gelfand Mikhail S., Dubchak Inna
- в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 35, с. 407
-
- 2006 EDAS - БАЗА ДАННЫХ АЛЬТЕРНАТИВНО СПЛАЙСИРОВАННЫХ ГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА
- Нуртдинов Р.Н., Неверов А.Д., Малько Д.Б., Космодемьянский И.А., Ермакова Е.О., Раменский B.E., Миронов А.А., Гельфанд М.С.
- в журнале Биофизика, издательство ФГБУ "Издательство "Наука" (Москва), том 51, № 4, с. 589-592
-
- 2006 Recognition of transmembrane segments in proteins: review and consistency-based benchmarking of internet servers
- Sadovskaya Nataliya S., Sutormin Roman A., Gelfand Mikhail S.
- в журнале Journal of Bioinformatics and Computational Biology, издательство Imperial College Press (United Kingdom), том 4, № 05, с. 1033-1056 DOI
-
- 2006 A metabolic network in the evolutionary context: Multiscale structure and modularity
- Spirin V., Gelfand M.S., Mironov A.A., Mirny L.A.
- в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, издательство National Academy of Sciences (United States), том 103, № 23, с. 8774-8779
-
- 2006 EDAS, databases of alternatively spliced human genes
- Nurtdinov R.N., Neverov A.D., Malko D.B., Kosmodem’yanskii I.A., Ermakova E.O., Ramenskii V.E., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Biophysics, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 51, № 4, с. 589-592
-
- 2006 Evolution of exon-intron structure and alternative splicing in fruit flies and malarial mosquito genomes
- Malko D.B., Makeev V.J., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Genome Research, издательство Cold Spring Harbor Laboratory Press (United States), том 16, № 4, с. 505-509
-
- 2006 Comparative genomics of transcriptional regulation in yeasts and its application to identification of a candidate alpha-isopropylmalate transporter
- Kovaleva Galina Yu, Bazykin Georgii A., Brudno Michael, Gelfand Mikhail S.
- в журнале Journal of Bioinformatics and Computational Biology, издательство Imperial College Press (United Kingdom), том 4, № 5, с. 981-998
-
- 2005 Mining sequence annotation databanks for association patterns
- Artamonova I.I., Frishman G., Gelfand M.S., Frishman D.
- в журнале Bioinformatics, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 21, с. 49-57 DOI
-
- 2005 Comparative genomics analysis of nitrate and nitrite respiration in gamma proteobacteria
- Ravcheev D.A., Rakhmaninova A.B., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 39, № 5, с. 832-846
-
- 2005 Alternative splicing and protein function
- Neverov A.D., Artamonova I.I., Nurtdinov R.N., Frishman D., Gelfand M.S., Mironov A.A.
- в журнале BMC Bioinformatics, издательство BioMed Central (London), том 6
-
- 2005 A Gibbs sampler for identification of symmetrically structured, spaced DNA motifs with improved estimation of the signal length
- Favorov A.V., Gelfand M.S., Gerasimova A.V., Ravcheev D.A., Mironov A.A., Makeev V.J.
- в журнале Bioinformatics, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 21, № 10, с. 2240-2245
-
- 2004 Evolution of the exon-intron structure and alternative splicing of the MAGE-A family of cancer/testis antigens
- Artamonova I.I., Gelfand M.S.
- в журнале Journal of Molecular Evolution, издательство Springer Verlag (Germany), том 59, № 5, с. 620-631 DOI
-
- 2004 Riboswitches: the oldest mechanism for the regulation of gene expression?
- Vitreschak A.G., Rodionov D.A., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Trends in Genetics, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 20, № 1, с. 44-50
-
- 2004 Comparative genomics of the methionine metabolism in Gram-positive bacteria: a variety of regulatory systems
- Rodionov D.A., Vitreschak A.G., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 32, № 11, с. 3340-3353
-
- 2004 Genome-wide molecular clock and horizontal gene transfer in bacterial evolution
- Novichkov P.S., Omelchenko M.V., Gelfand M.S., Mironov A.A., Wolf Y.I., Koonin E.V.
- в журнале Journal of Bacteriology, издательство American Society for Microbiology (United States), том 186, № 19, с. 6575-6585
-
- 2004 Prediction and computer analysis of the exon-intron structure of human genes
- Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 38, № 1, с. 70-77
-
- 2004 SDPpred: a tool for prediction of amino acid residues that determine differences in functional specificity of homologous proteins
- Kalinina O.V., Novichkov P.S., Mironov A.A., Gelfand M.S., Rakhmaninova A.B.
- в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 32, с. 424
-
- 2004 Automated selection of positions determining functional specificity of proteins by comparative analysis of orthologous groups in protein families
- Kalinina O.V., Mironov A.A., Gelfand M.S., Rakhmaninova A.B.
- в журнале Protein Science, издательство Cold Spring Harbor Laboratory Press (United States), том 13, № 2, с. 443-456
-
-
- 2003 Биоинформатика: от эксперимента к компьютерному анализу и снова к эксперименту
- Гельфанд Михаил Сергеевич, Любецкий Василий Александрович
- в журнале Вестник Российской академии наук (ранее: Вестник Академии наук СССР), издательство Наука: МАИК "Наука/Интерпериодика" (М.), том 73, № 11, с. 987-994
-
- 2003 Regulation of the vitamin B-12 metabolism and transport in bacteria by a conserved RNA structural element
- Vitreschak A.G., Rodionov D.A., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале RNA, том 9, № 9, с. 1084-1097
-
- 2003 Regulation of lysine biosynthesis and transport genes in bacteria: yet another RNA riboswitch?
- Rodionov D.A., Vitreschak A.G., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 31, № 23, с. 6748-6757
-
- 2003 Comparative Genomics of the vitamin B-12 metabolism and regulation in prokaryotes
- Rodionov D.A., Vitreschak A.G., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Journal of Biological Chemistry, издательство American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc. (United States), том 278, № 42, с. 41148-41159
-
- 2003 Regulation of biosynthesis and transport of aromatic amino acids in low-GC Gram-positive bacteria
- Panina E.M., Vitreschak A.G., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале FEMS Microbiology Letters, издательство Blackwell (United Kingdom), том 222, № 2, с. 211-220
-
- 2003 Comparative genomics of bacterial zinc regulons: Enhanced ion transport, pathogenesis, and rearrangement of ribosomal proteins
- Panina E.M., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, издательство National Academy of Sciences (United States), том 100, № 17, с. 9912-9917
-
- 2003 Low conservation of alternative splicing patterns in the human and mouse genomes
- Nurtdinov R.N., Artamonova I.I., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Human Molecular Genetics, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 12, № 11, с. 1313-1320
-
- 2002 Сравнительный анализ программ, предсказывающих трансмембранные сегменты в трансмембранных белках
- Садовская Н.С., Сутормин Р.А., Рахманинова А.Б., Гельфанд М.С.
- в журнале Информационные процессы, том 2, № 1, с. 96-99
-
- 2002 Regulation of riboflavin biosynthesis and transport genes in bacteria by transcriptional and translational attenuation
- Vitreschak A.G., Rodionov D.A., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 30, № 14, с. 3141-3151
-
- 2002 Comparative genomics of thiamin biosynthesis in procaryotes - New genes and regulatory mechanisms
- Rodionov D.A., Vitreschak A.G., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Journal of Biological Chemistry, издательство American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc. (United States), том 277, № 50, с. 48949-48959
-
- 2002 Conservation of the biotin regulon and the BirA regulatory signal in eubacteria and archaea
- Rodionov D.A., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Genome Research, издательство Cold Spring Harbor Laboratory Press (United States), том 12, № 10, с. 1507-1516
-
- 2002 Purine regulon of gamma-proteobacteria: A detailed description
- Ravcheev D.A., Gelfand M.S., Mironov A.A., Rakhmaninova A.B.
- в журнале Russian Journal of Genetics, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 38, № 9, с. 1015-1025
-
- 2002 Is alternative splicing of mammalian genes conserved?
- Nurtdinov R.N., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Biophysics, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 47, № 4, с. 587-594
-
- 2002 Comparative approach to correction of annotated gene starts in complete bacterial genomes
- Baitalyuk M.V., Gelfand M.S., Mironov A.A.
- в журнале Biophysics, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 47, № 2, с. 197-203
-
- 2001 Study of regulation of long-chain fatty acid metabolism using computer analysis of complete bacterial genomes
- Sadovskaya N.S., Laikova O.N., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 35, № 6, с. 862-866
-
- 2001 Transcriptional regulation of pentose utilisation systems in the Bacillus/Clostridium group of bacteria
- Rodionov D.A., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале FEMS Microbiology Letters, издательство Blackwell (United Kingdom), том 205, № 2, с. 305-314
-
- 2001 Comparative approach to analysis of regulation in complete genomes: Multidrug resistance systems in gamma-proteobacteria
- Rodionov D.A., Gelfand M.S., Mironov A.A., Rakhmaninova A.B.
- в журнале Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, издательство S. Karger AG (Switzerland), том 3, № 2, с. 319-324
-
- 2001 Regulation of aromatic amino acid biosynthesis in gamma-proteobacteria
- Panina E.M., Vitreschak A.G., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, издательство S. Karger AG (Switzerland), том 3, № 4, с. 529-543
-
- 2001 Comparative analysis of FUR regulons in gamma-proteobacteria
- Panina E.M., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 29, № 24, с. 5195-5206
-
- 2001 Gene recognition in eukaryotic DNA by comparison of genomic sequences
- Novichkov P.S., Gelfand M.S., Mironov A.A.
- в журнале Bioinformatics, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 17, № 11, с. 1011-1018
-
- 2001 Pro-Frame: similarity-based gene recognition in eukaryotic DNA sequences with errors
- Mironov A.A., Novichkov P.S., Gelfand M.S.
- в журнале Bioinformatics, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 17, № 1, с. 13-15
-
- 2001 Conservation of the binding site for the arginine repressor in all bacterial lineages
- Makarova Kira S., Mironov Andrey A., Gelfand Mikhail S.
- в журнале Genome Biology, издательство BioMed Central (London), том 2, № 4
-
- 2001 Computational analysis of the transcriptional regulation of pentose utilization systems in the gamma subdivision of Proteobacteria
- Laikova O.N., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале FEMS Microbiology Letters, издательство Blackwell (United Kingdom), том 205, № 2, с. 315-322
-
- 2001 Computer analysis of regulatory signals in bacterial genomes. Fnr binding sites
- Gerasimova A.V., Rodionov D.A., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 35, № 6, с. 853-861
-
- 2000 Transcriptional regulation of transport and utilization systems for hexuronides, hexuronates and hexonates in gamma purple bacteria
- Rodionov D.A., Mironov A.A., Rakhmaninova A.B., Gelfand M.S.
- в журнале Molecular Microbiology, издательство Blackwell Publishing Inc. (United Kingdom), том 38, № 4, с. 673-683
-
- 2000 Statistical analysis of complete bacterial genomes: Avoidance of palindromes and restriction-modification systems
- Panina E.M., Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 34, № 2, с. 215-221
-
- 2000 Prediction of the exon-intron structure by comparison of genomic sequences
- Novichkov P.S., Gelfand M.S., Mironov A.A.
- в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 34, № 2, с. 200-206
-
- 2000 Software for analysis of bacterial genomes
- Mironov A.A., Vinokurova N.P., Gelfand M.S.
- в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 34, № 2, с. 222-231
-
- 2000 Inactivation of the ypaA gene in Bacillus subtilis; Analysis of the resulting phenotypic expression
- Kreneva R.A., Gelfand M.S., Mironov A.A., Yomantas Y.A., Kozlov Yu I., Mironov A.S., Perumov D.A.
- в журнале Russian Journal of Genetics, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 36, № 8, с. 972-974
-
- 2000 Prediction of transcription regulatory sites in Archaea by a comparative genomic approach
- Gelfand M.S., Koonin E.V., Mironov A.A.
- в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 28, № 3, с. 695-705
-
- 1999 Computer analysis of transcription regulatory patterns in completely sequenced bacterial genomes
- Mironov A.A., Koonin E.V., Roytberg M.A., Gelfand M.S.
- в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 27, № 14, с. 2981-2989
-
- 1999 Computer analysis of regulatory signals in complete bacterial genomes. PurR binding sites
- Mironov A.A., Gelfand M.S.
- в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 33, № 1, с. 109-114
-
- 1999 Computer analysis of regulatory signals in complete bacterial genomes. Ribosome binding sites
- Mironov A.A., Frishman D., Gelfand M.S.
- в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 33, № 1, с. 115-122
-
- 1999 Frequent alternative splicing of human genes
- Mironov A.A., Fickett J.W., Gelfand M.S.
- в журнале Genome Research, издательство Cold Spring Harbor Laboratory Press (United States), том 9, № 12, с. 1288-1293
-
- 1999 A conserved RNA structure element involved in the regulation of bacterial riboflavin synthesis genes
- Gelfand M.S., Mironov A.A., Jomantas J., Kozlov Y.I., Perumov D.A.
- в журнале Trends in Genetics, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 15, № 11, с. 439-442
-
- 1999 Computer analysis of regulatory signals in complete bacterial genomes. LexA and DinR binding sites
- Gelfand M.S., Mironov A.A.
- в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 33, № 5, с. 680-686
-
- 1999 Computational biology between decades
- Gelfand M.S., Mironov A.A.
- в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 33, № 6, с. 854-868
-
- 1998 Algorithms and software for support of gene identification experiments
- Sze S.H., Roytberg M.A., Gelfand M.S., Mironov A.A., Astakhova T.V., Pevzner P.A.
- в журнале Bioinformatics, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 14, № 1, с. 14-19
-
- 1998 Performance-guarantee gene predictions via spliced alignment
- Mironov A.A., Roytberg M.A., Pevzner P.A., Gelfand M.S.
- в журнале Genomics, издательство Academic Press (United States), том 51, № 3, с. 332-339
-
- 1996 Gene recognition via spliced sequence alignment
- Gelfand M.S., Mironov A.A., Pevzner P.A.
- в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, издательство National Academy of Sciences (United States), том 93, № 17, с. 9061-9066
Тезисы докладов
-
- 2018 Reconstruction of the chromatin 3D conformation from single cell Hi-C data
- Kos Pavel I., Galitsyna Aleksandra A., Ulianov Sergey V., Gelfand Mikhail S., Razin Sergey V., Chertovich Alexander V.
- в сборнике 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), тезисы, с. 2476-2476 DOI
-
-
- 2018 Nuclear lamina maintains global spatial organization of chromatin in Drosophila cultured cells
- Ulianov Sergey V., Doronin Semen A., Khrameeva Ekaterina E., Kos Pavel I., Starikov Sergey S., Galitsyna Aleksandra A., Artem Luzhin, Gelfand Mikhail S., Chertovich Alexander V., Razin Sergey V., Shevelyov Yuri Y.
- в сборнике 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), тезисы, с. 2493-2493 DOI
-
- 2017 ПРИМЕНЕНИЕ МЕТОДА FLOWSEQ ДЛЯ АНАЛИЗА ЭФФЕКТИВНОСТИ ТРАНСЛЯЦИИ БИБЛИОТЕК БАКТЕРИАЛЬНЫХ MРНК
- СЕРГИЕВ П.В., ЕВФРАТОВ С.А., ОСТЕРМАН И.А., КОМАРОВА Е.С., ПОГОРЕЛЬСКАЯ А.М., РУБЦОВА М.П., КОСТРЮКОВА Е.С., КАБИЛОВ М.Р., БУРНАЕВ Е., ГЕЛЬФАНД М.С., ГОВОРУН В.М., БОГДАНОВ А.А., ДОНЦОВА О.А.
- в сборнике ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ В ГЕНОМИКЕ II Всероссийская конференция с международным участием. Сер. "ActaNaturau" 2017, место издания ООО "Парк-медиа", тезисы, с. 16a
Доклады на научных конференциях
-
- 2023 Трансформация бактериального сообщества почв гумидных и аридных ландшафтов после внесения керосина (Приглашенный)
- Авторы: Семенков И.Н., Шелякин П.В., Тутукина М.Н., Клинк Г.В., Леднев С.А., Гельфанд М.С., Королева Т.В.
- Всероссийская конференция "Фундаментальные проблемы исследования почв и управления почвенными ресурсами России", посвященная 50-летию основания факультета почвоведения МГУ имени М.В.Ломоносова, Москва, МГУ, Russia, 15-17 мая 2023
-
- 2022 Влияние керосина на микробиомы различных почв (Устный)
- Авторы: Шелякин П., Семенков И., Тутукина М., Николаева Д., Шарапова А., Сарана Ю., Леднев С., Смоленков А., Гельфанд М., Кречетов П., Королева Т.
- ИТИС(б) — Информационные технологии и системы. Биоинформатика., Огниково, Моск. обл., Russia, 18 февраля - 21 марта 2022
-
- 2021 Evolution of Transcriptional Regulation of Histidine Metabolism in Gram-positive Bacteria (Стендовый)
- Авторы: Ashniev German A., Sernova Natalia V., Shevkoplias Alexey E., Rodionov Ivan D., Rodionova Irina A., Vitreschak Alexey G., Gelfand Mikhail S., Rodionov Dmitry A.
- Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 30 июля - 2 августа 2021, Skolkovo Insitute of Science and Technology, Moscow, Russia, 30 июля - 2 августа 2021
-
- 2020 Evolution of transcriptional regulation of histidine metabolism in gram-positive bacteria (Устный)
- Авторы: Ashniev German, Sernova Natalia, Shevkoplias Alexey, Rodionov Ivan, Rodionova Irina, Arzamasov Aleksandr, Vitreschak Alexey, Gelfand Mikhail, Rodionov Dmitry
- 16th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications, Москва, Russia, 1-4 декабря 2020
-
- 2019 Исследование пространственной организации хроматина Dictyostelium discoideum (Устный)
- Авторы: Ульянов С.В., Цой О., Храмеева Е.Е., Лужин А.Н., Галицина А., Стариков С.С., Гельфанд М.С., Разин С.В.
- II Объединенный научный форум, включающий VI Cъезд физиологов СНГ, VI Съезд биохимиков России и IX Российский симпозиум «Белки и пептиды», Дагомыс, Russia, 1-6 октября 2019
-
- 2019 Влияние редактирования мРНК на процесс трансляции у мягкотелых головоногих моллюсков (Стендовый)
- Авторы: Ногина Дарья, Молдован Михаил, Гельфанд Михаил
- ИНФОРМАЦИОННЫЕ ТЕХНОЛОГИИ И СИСТЕМЫ 2019 (ИТИС 2019) Пермь, 17-22 сентября 2019 г., Пермь, Russia, 17-22 сентября 2019
-
- 2019 Chromatin 3D conformation from single cell Hi-C data (Стендовый)
- Авторы: Кос П.И., Галицына А.А., Ульянов Сергей Владимирович, Гельфанд М.С., Разин С.В., Чертович А.В.
- EMBO Workshop: Chromatin and epigenetics, Хайдельберг, Germany, 1-4 мая 2019
-
- 2018 Reconstruction of the chromatin 3D conformation from single cell Hi-C data (Устный)
- Авторы: Кос П.И., Галицына А.А., Ульянов С.В., Гельфанд М.С., Разин С.В., Чертович А.В.
- IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), Мадрид, Spain, 3-6 декабря 2018
-
- 2018 SELF-ORGANIZATION OF DROSOPHILA CHROMATIN INTO TOPOLOGICALLY- ASSOCIATING DOMAINS (Приглашенный)
- Авторы: Ulianov S.V., Khrameeva E.E., Zakharova V.S., Galitsyna A.A., Polovnikov K.E., Logacheva M.D., Mikhaleva E.A., Vassetzky E.S., Gavrilov A.A., Kos P., Chertovich A., Gelfand M.S., Shevelev Y.Y., Razin S.V.
- ХРОМОСОМА 2018, Новосибирский Академгородок, Russia, 20-24 августа 2018
-
- 2018 The role of mRNA secondary structure in the control of translation and mRNA degradation in E. coli (Устный)
- Авторы: Chervontseva Z., Khodzhaeva E., Gelfand M., Mironov A.
- Belgrade BioInformatics Conference 2018, Serbia, 18-22 июня 2018
-
- 2018 Role of mRNA structure in the control of protein synthesis in E. coli (Стендовый)
- Авторы: Chervontseva Z., Khodzhaeva E., Gelfand M., Mironov A.
- 5th Meeting of Regulating with RNA in Bacteria & Archaea, Севилья, Spain, 19-22 марта 2018
-
- 2017 Dictyostelium discoideum chromosomes are partitioned into unstable globular domains (Стендовый)
- Авторы: Khrameeva E., Razin S., Ulianov S., Bredikhin D., Gelfand M.
- 42nd FEBS Congress "From molecules to cells and back", Иерусалим, Israel, 10-14 сентября 2017
-
- 2017 «ВАМПИРОМ»: ТРАНСКРИПТОМНЫЙ И ПРОТЕОМНЫЙ АНАЛИЗ МЕДИЦИНСКОЙ ПИЯВКИ (Устный)
- Авторы: Бабенко В.В., Манувера В.А., Курдюмов А.С., Подгорный О.В., Графская Е.Н., Фарафонова Т.Е., Широков Д.А., Полина Н.Ф., Харлампиева Д.Д., Белова А.М., Бобровский П.А., Корнилов Д.А., Димитриев В.К., Манолов А.И., Побегуц О.В., Бутенко И.О., Ковальчук С.И., Аниканов Н.А., Матюшкина Д.С., Ракитина Д.В., Виноградов Д.В., Касьянов А.С., Кострюкова Е.С., Гельфанд М.С., Згода В.Г., Баскова И.П., Лазарев В.Н.
- 12th International Scientific Conference on Bioorganic Chemistry devoted to the Memory of Professor Ovchinnikov/Международная научная конференция "XII чтения памяти академика Юрия Анатольевича Овчинникова" VIII Российский симпозиум "Белки и пептиды", Москва, Russia, 18-22 сентября 2017
-
- 2016 Cell-type specific and transcription-related organization of TADs in and around the chicken alpha-globin gene domain (Стендовый)
- Авторы: Ulianov Sergey V., Galitsyna Alexandra A., Flyamer Ilya M., Khrameeva Ekaterina E., Imakaev Maxim V., Abdennur Nezar A., Gelfand Mikhail S., Gavrilov Alexey A., Razin Sergey V.
- Gordon Research Conference "Chromatin Structure and Function 2016", Les Diablerets, Switzerland, 22-27 мая 2016
-
- 2002 Benchmarking of programs for recognition of transmembrane segments in transporter proteins (Стендовый)
- Авторы: Sadovskaya N.S., Sutormin R.A., Rakhmaninova A.B., Gelfand M.S.
- BGRS-02, Новосибирск, Russia, 14-20 июля 2002
НИР и НИОКР
-
- 1 сентября 2020 - 1 сентября 2022 Изучение механизма формирования и функционального назначения хроматиновых петель у низших эукариот на примере диктиостелиума
- Факультет биоинженерии и биоинформатики
- Руководитель: Жегалова И.В. Ответственный исполнитель: Гельфанд М.С.
Участие в редколлегии журналов
-
- 1 января 2012 - 31 декабря 2014 Journal of Bacteriology
- издательство American Society for Microbiology (United States)
-
- с 1 января 2006 Молекулярная биология
-
- с 1 января 2005 BMC Bioinformatics
- издательство BioMed Central (London)
-
- с 1 января 2005 Biology Direct
- издательство BioMed Central (London)
-
- с 1 января 2004 Journal of Bioinformatics and Computational Biology
- издательство Imperial College Press (United Kingdom)
-
- с 1 января 2003 PLoS Biology
- издательство Public Library of Science (United States)
-
- с 1 января 1997 Journal of Computational Biology
- издательство Mary Ann Liebert Inc. (United States)
Руководство диссертациями
-
- 2015 Дальние взаимодействия в геномах эукариот и регуляция сплайсинга
- Кандидатская диссертация по специальности 03.01.09 - Математическая биология, биоинформатика (биол. науки)
- Автор: Храмеева Е.Е.
- Научные руководители: Гельфанд Михаил Сергеевич, д.б.н., д.б.н., Миронов Андрей Александрович, д.б.н., проф., МГУ имени М.В. Ломоносова
- Защищена в совете Д 002.077.04 при ИППИП РАН
- Организация, в которой выполнялась работа: Федеральном государственном образовательном учрежде нии высшего профессионального образования “Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова” и в Федеральном государственном бюд жетном учреждении науки Институте проблем передачи информации им. А.А. Харкевича Российской академии наук (ИППИ РАН).
- Ведущая организация: ФГБУН Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН
- Оппоненты: Ульянов Сергей Владимирович, Карягина-Жулина Анна Станиславовна
Оппонирование диссертаций
-
- 2018 Роль вторичных структур РНК в ретротранспозиции
- Кандидатская диссертация по специальности 03.01.02 - Биофизика (физ.-мат. науки)
- Автор: Гречишникова Дарья Александровна
- Научный руководитель: Твердислов Всеволод Александрович, д.ф.-м.н., проф., МГУ имени М.В. Ломоносова
- Защищена в совете МГУ.011.1(01.04) МГУ имени М.В. Ломоносова, Физический факультет
- Организация, в которой выполнялась работа: МГУ имени М.В. Ломоносова, кафедра биофизики физического факультета
- Оппоненты: Гельфанд М.С., Шайтан А.К., Заседателев А.С.
-
- 2013 Сравнительный анализ изоферментов глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы: эволюция и физико-химические свойства
- Кандидатская диссертация по специальности 03.01.03 - Молекулярная биология (биол. науки)
- Автор: Куравский М.Л., к.б.н.
- Научные руководители: Муронец В.И., д.б.н., проф., МГУ имени М.В. Ломоносова, Шмальгаузен Е.В., к.б.н., доц., МГУ имени М.В. Ломоносова
- Защищена в совете Д 501.001.76 при МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет
- Организация, в которой выполнялась работа: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Ведущая организация: Институт биохимии им. А. Н. Баха
- Оппоненты: Гусев Н.Б., Гельфанд М.С.
Руководство дипломными работами
-
- 2017 Анализ трехмерной структуры хроматина
- Научные руководители: Гаврилов А.А., Храмеева Е.Е., Ульянов С.В., Разин С.В., Гельфанд М.С.
- Автор: Галицына А.А. (Магистр)
-
- 2009 Совместная метаболическая активность тли Acyrtosiphon pisum Harr. и симбиотической бактерии Buchnera aphidicola str. APS
- Научные руководители: Лютикова Л.И., Гельфанд М.С.
- Автор: Ракитин Д.И. (Специалист)
Авторство учебных курсов
-
- 2020 МФК Биоинформатика
- Авторы: Алексеевский А.В., Потапова Н.А., Карягина-Жулина А.С., Спирин С.А., Гельфанд М.С., Жарикова А.А., Залевский А.О.
- дистанционный курс
-
- 2017 МФК "Биоинформатика"
- Авторы: Алексеевский А.В., Спирин С.А., Миронов А.А., Карягина-Жулина А.С., Храмеева Е.Е., Гельфанд М.С.
-
- 2015 МФК «Биоинформатика»
- Авторы: Миронов А.А., Алексеевский А.В., Головин А.В., Спирин С.А., Карягина-Жулина А.С., Гельфанд М.С.
-
- 2014 МФК Биоинформатика
- Авторы: Алексеевский А.В., Спирин С.А., Карягина-Жулина А.С., Гельфанд М.С., Потапова Н.А., Жарикова А.А., Диброва Д.В., Злобин А.С.
-
- 2003 Биоинформатика 2 курс
- Авторы: Алексеевский А.В., Спирин С.А., Гельфанд М.С., Головин А.В.